Pierwsze zabiegi o nawiązanie stosunków z Watykanem strona polska podjęła już w 1947 r. Obecny konkordat między Rzecząpospolitą Polską a Watykanem był efektem procesu, który zapoczątkowała utrata mocy układu z 1925 r. Powody do przyjęcia, że traktat z 1925 r. przestał obowiązywać, dała sama Stolica Apostolska, wielokrotnie i poważnie naruszając układ w okresie II wojny światowej. Watykan przede wszystkim pogwałcił konkordatową regułę, że żadna część polskiego terytorium nie będzie podlegała biskupowi mającemu siedzibę poza terytorium RP. Tymczasem biskupowi gdańskiemu Karolowi Marii Splettowi w grudniu 1939 r. podporządkowano diecezję chełmińską. Wkrótce za zgodą Watykanu rozszerzył on swoją jurysdykcję na część diecezji włocławskiej i płockiej. Kard. Adolf Bertram z Wrocławia objął w 1943 r. władzę nad diecezją katowicką, a litewski biskup Mečislovas Reinys faktycznie w 1942 r. stanął na czele archidiecezji wileńskiej. Stolica Apostolska ponadto naruszyła ustalone na mocy konkordatu granice polskich metropolii, m.in. podporządkowując już jesienią 1939 r. kilkanaście parafii archidiecezji krakowskiej słowackiemu biskupowi spiskiemu. Watykan zgodził się też na wprowadzenie przez nazistów w 1941 r. w tzw. Kraju Warty nieprzewidzianego przez konkordat podziału na katolików niemieckich i katolików polskich. Jeszcze w grudniu 1939 r., bez pytania o aprobatę prezydenta RP, mianowany został koadiutorem z prawem następstwa w unickiej
