Nuncjusz apostolski w Argentynie codziennie grał w tenisa z jednym z przywódców junty Decyzje Stolicy Apostolskiej są zawsze przemyślane. W praktyce dyplomacji watykańskiej spontaniczność uważa się za grzech. 40. rocznica wojskowego zamachu stanu w Argentynie stała się pretekstem do udostępnienia rodzinom ofiar archiwów tamtejszego Kościoła z okresu dyktatury – lat 1976-1983. We wspólnym komunikacie z 24 października watykański Sekretariat Stanu i argentyńska Konferencja Episkopatu ogłosiły, że dostęp do archiwów będą miały „ofiary i najbliżsi członkowie rodzin osób zatrzymanych i zaginionych, a w przypadku księży i zakonnic także ich przełożeni”. Otwarcie archiwów nakazał sam papież Franciszek w odpowiedzi na liczne prośby organizacji walczących o prawa człowieka i skupiających bliskich ofiar junty. Dopominały się o to m.in. Madres de Plaza de Mayo (Matki z placu Majowego) i Abuelas de Plaza de Mayo (Babcie z placu Majowego). Z błogosławieństwem hierarchów 23 marca 1976 r., w przeddzień wojskowego zamachu stanu, gen. Videla i inni spiskowcy otrzymali błogosławieństwo arcybiskupa Parany Adolfa Tortola, który ponadto pełnił funkcję kapelana wojska. Gdy abp Tortolo wyszedł z długiego spotkania konferencji biskupów z wojskowymi, oświadczył, że „Kościół ma swoją szczególną misję. Istnieją okoliczności, w których nie może wstrzymać się od udziału, nawet gdy wydarzenia dotyczą problemów związanych z określeniem porządków w państwie”. Apelował do Argentyńczyków, aby podjęli „współpracę z nowym rządem”. Rola, jaką w czasach dyktatury odegrało wielu księży i hierarchów udzielających poparcia wojsku, jest największą plamą na historii Kościoła katolickiego w Argentynie. Miejscowy episkopat wielokrotnie za to przepraszał. Jednak bliski papieżowi kardynał i arcybiskup Buenos Aires Mario Poli próbuje bronić postawy Kościoła: „Robił, co powinien robić. Nie boimy się archiwów. Nie sądzimy, że coś uległo zniszczeniu”. Ci, którzy mieli już okazję zapoznać się z kościelnym archiwum, twierdzą, że są tam prośby o pomoc i odpowiedzi, a także podziękowania dla Kościoła za podjęte interwencje. Nie ma natomiast ani jednego dokumentu, w którym padłoby nazwisko Jorge Bergoglia. Jak wiadomo, był on oskarżany o pomoc w uwięzieniu przez wojsko dwóch jezuitów, Orlanda Yoria i Franza Jalicsa. W 2005 r. obrończyni praw człowieka Myriam Bregman złożyła nawet zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia przestępstwa przez kard. Bergoglia w tej sprawie. Dla przypomnienia: Bergoglio, który w tym czasie był prowincjałem Towarzystwa Jezusowego, nakazał tym dwóm „lewicowym” księżom jezuitom i przeciwnikom rządów wojskowych opuścić miejsce pracy duszpasterskiej. Jego decyzja doprowadziła do podziałów wewnątrz samego Towarzystwa Jezusowego. Chodziło bowiem o rolę Kościoła katolickiego i jego relacje z juntą. Podczas gdy obaj kapłani, porwani przez szwadrony śmierci w maju 1976 r. i torturowani, zostali wypuszczeni pięć miesięcy później, sześć innych osób związanych z ich parafią i porwanych w ramach tej samej operacji „zniknęło”. Były to cztery nauczycielki i mężowie dwóch z nich. Po wyjściu na wolność ks. Yorio oskarżył Bergoglia o umyślne narażenie życia wszystkich sześciu osób poprzez przekazanie ich w ręce szwadronów śmierci. Podczas pierwszego procesu przywódców junty w 1985 r. Yorio oświadczył: „Jestem pewien, że on sam [Bergoglio] przekazał Marynarce Wojennej listę z naszymi nazwiskami”. Dwie osoby z listy zostały zabrane do Szkoły Mechaniki Marynarki Wojennej (ESMA), która była centrum tortur. Trzymano je tam ponad pięć miesięcy, a potem odurzono narkotykami i wyrzucono gdzieś poza miastem. Natomiast Jalics, którego przeniesiono do niemieckiego klasztoru, początkowo odmawiał komentarza. Jednak po wyborze Bergoglia na papieża wydał oświadczenie, w którym stwierdził: „Ojciec Bergoglio nie wydał Orlanda Yoria ani mnie”. Kapelan skazany za zabójstwa Według Myriam Bregman „z wypowiedzi samego Bergoglia wynika, że hierarchia kościelna wiedziała od początku o torturach i morderstwach junty, a mimo to publicznie okazywała poparcie dyktatorom. Dyktatura nie mogłaby działać w ten sposób, gdyby nie miała tego kluczowego wsparcia”. W wywiadzie dla dziennika „El Sur” gen. Jorge Videla, który obecnie odsiaduje wyrok dożywocia za zbrodnie przeciwko ludzkości, potwierdził, że „informował na bieżąco hierarchów katolickich o polityce reżimu wobec opozycji, a oni mu w tym doradzali”. Mówił, że wielokrotnie rozmawiał z prymasem Raúlem Franciskiem Primatestą, a także z innymi członkami episkopatu i nuncjuszem apostolskim w Argentynie, Pío Laghim. Kard. Laghi przyznał się zresztą do przymykania oczu na tortury i masakry. On sam utrzymywał przyjacielskie kontakty z członkami junty, z gen.
